Le Conseil du CERN est l'autorité suprême de l’Organisation. Il est responsable de toutes les décisions importantes. Le Conseil détermine la politique de l'Organisation dans les domaines scientifique, technique et administratif. Il approuve le programme d'activités, adopte les budgets et contrôle les dépenses. Le Conseil est assisté dans sa tâche par le Comité des directives scientifiques et le Comité des finances. Le directeur général, nommé par le Conseil, administre le CERN. Il est assisté dans sa tâche par un Directoire et dirige le Laboratoire par l'intermédiaire de départements.
Le Conseil
Le CERN est régi par ses États membres, chacun représenté par deux délégués officiels au Conseil du CERN, dont l'un représente les autorités de son pays et l'autre les milieux scientifiques nationaux. Chaque État membre dispose d'une seule voix et la plupart des décisions se prennent à la majorité simple, même si, en pratique, le Conseil cherche à atteindre un consensus aussi proche que possible de l'unanimité.
Le Comité des directives scientifiques
Le Comité des directives scientifiques évalue l’intérêt scientifique des activités proposées par les physiciens et formule des recommandations sur le programme scientifique du CERN. Ses membres sont des scientifiques choisis par le Comité et nommés par le Conseil pour leurs compétences scientifiques, indépendamment de leur nationalité. Le Comité des directives scientifiques compte également des ressortissants d'États non-membres.
Le Comité des finances
Le Comité des finances réunit des représentants des autorités nationales et traite de toutes les questions relatives aux contributions financières des États membres, ainsi qu'au budget et aux dépenses de l'Organisation.